Le digestat étant riche en azote, son épandage peut induire un apport excessif en azote non assimilé par les plantes et pouvant se diluer dans le sol. Pour éviter cela, le plan d’épandage doit être validé par l’administration et il faut contrôler en continue les dates et les volumes d’épandage. De l’azote peut s’évaporer lors de l’épandage du digestat et ainsi conduire à l’émission de protoxyde d’azote N₂O, un gaz à effet de serre 210 fois plus puissant que le CO₂. C’est pourquoi le digestat est stocké pour éviter cette réaction. Les digestats présentent parfois des quantités variables d’éléments traces métalliques (ETM). Les digestats provenant d’effluents agricoles en contiennent en quantité négligeable. Les digestats provenant de la méthanisation de boues de station d’épuration présentent des teneurs plus élevées en ETM, notamment en cuivre et zinc. Dans le cas précis des installations avec tri mécanico-biologique (TMB), les digestats provenant de la méthanisation d’ordures ménagères peuvent contenir des ETM et des déchets inertes (verre, plastique). Pour ces raisons, il est donc primordial de contrôler leur qualité. Les digestats ne respectant pas les critères d’épandage sont incinérés ou placés en Installations de Stockage de Déchets Non Dangereux (ISDND). De plus, en fonction des intrants utilisés, le digestat nécessite un plan d’hygiénisation ou non afin d’éliminer 99 % des microorganismes pathogènes potentiellement présents.

Par ailleurs, il est interdit de rejeter du biogaz dans l’atmosphère selon l’arrêté du 10 novembre 2009. L’installation de méthanisation est équipée de dispositifs de contrôle de la production de biogaz en continue. Dans le cas où la production de biogaz deviendrait trop importante à gérer pour des raisons techniques (moteur de cogénération en panne, etc.) ou contractuelles, le biogaz est éliminé par destruction thermique à l’aide d’une torchère.