L’impact de la méthanisation sur la biodiversité a pour le moment été peu étudié. Certaines études allemandes ont étudié l’impact de l’épandage des digestats sur la population des vers de terre. Mais les études ne sont pas toujours représentatives de l’impact réel sur les sols agricoles. Des essais conduits en France par l’INRA ont cependant montré une mortalité accrue pour une faible partie de la population des vers anéciques après épandage de digestat ; mortalité toutefois compensée à moyen terme par une augmentation de la population due aux apports de matière organique du digestat. Ce digestat est riche en carbone stable, qui se dégrade plus lentement. Ses impacts, en particulier sur les populations de micro-organismes du sol reste à étudier. Le respect de bonnes pratiques associées à la gestion des digestats est indispensable pour éviter les comportements non vertueux parfois observés, lesquels peuvent avoir ponctuellement des impacts sur la biodiversité.